Nakon godinu i pol dana radova, u Crkvi Sv.Filipa i Jakova dovršena je obnova kripte, teško oskvrnjene i uništene u Domovinskom ratu. U reprezentativnom dijelu izložena su tri restaurirana sarkofaga, dok je drugi dio predviđen za molitvu i okupljanje vjernika. Radovi na franjevačkoj kripti, koja se nalazi ispod najstarijeg dijela crkve sv. Filipa i Jakova, vrijedni su 700 tisuća kuna.
Do 1805.te godine u kripti crkve Sv.Filipa i Jakova u Vukovaru sahranjena je 131 osoba. Novo razdoblje nastupa nakon dolaska kuge, tada su se ovdje mogli sahranjivati samo bogati – oni koji su imali sarkofage. A kako su u to vrijeme franjevci i vjernici živjeli skromno, u kripti su sahranjivani pripadnici najimućnije obitelji. “Prva koja je sahranjena ovdje bila je grofica Maria Henriette Eltz 1814.g.”, podsjeća fra Ivica Jagodić, župnik. Nakon nje, ovdje su pokopani i drugi članovi grofovske obitelji,čiji su posmrtni ostaci u kripti godinama počivali u miru. Sve do Domovinskog rata, kada su franjevci protjerani i završili u logorima, a samostan prepušten na milost i nemilost srpskim paravojnim snagama.
“Isprevrtali su sarkofage, one koje nisu mogli otvoriti, raznijeli su bombama, a sve ne bi li pronašli blago. Netko im je, naime, prodao priču da se tu nalazi vatikansko blago, kojim će se obnoviti cijeli Vukovar”, priča fra Jagodić i podsjeća kako je slika koju su franjevci zatekli pri povratak u samostan, bila negledljiva: uništena kripta, sarkofazi, razbacane kosti.
Kriptu je nakon tako teškog oskrvnuća i devastacije bilo teško obnoviti, a sarkofazi su bili toliko uništeni da ih je od ukupno 11 obnovljeno tek tri: muški, ženski i dječji. Obnovljeni sarkofazi čine reprezentativni dio kripte, nalaze se u drugom dijelu, kao i spomen ploča s popisom pokojnih iz obitelji Eltz. Prvi dio kripte na raspolaganju je hodočasnicima za molitvu i sakramentalna slavlja.U dogovoru sa franjevcima, zainteresirani će kriptu moći obići svakoga dana.
